Ngoài những trường hợp xuất khẩu trực tiếp hàng hóa, dịch vụ ra nước ngoài, còn có những trường hợp mặc dù hàng hóa, dịch vụ cung cấp trong nước vẫn được coi như xuất khẩu, hoặc chuyển vật tư hàng hóa ra nước ngoài để thực hiện công trình xây dựng tại nước ngoài…, với những trường hợp này sẽ có những quy định cụ thể về điều kiện khấu trừ và hoàn thuế GTGT, cụ thể như sau:
1) Hàng hóa gia công chuyển tiếp theo quy định của pháp luật thương mại về hoạt động mua, bán hàng hóa quốc tế và các hoạt động đại lý mua, bán, gia công hàng hóa với nước ngoài:
a) Hợp đồng gia công xuất khẩu và các phụ kiện hợp đồng (nếu có) ký với nước ngoài, trong đó ghi rõ cơ sở nhận hàng tại Việt Nam;
b) Hóa đơn GTGT ghi rõ giá gia công và số lượng hàng gia công trả nước ngoài (theo giá quy định trong hợp đồng ký với nước ngoài) và tên cơ sở nhận hàng theo chỉ định của phía nước ngoài;
c) Phiếu chuyển giao sản phẩm gia công chuyển tiếp (gọi tắt là Phiếu chuyển tiếp) có đủ xác nhận của bên giao, bên nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp và xác nhận của Hải quan quản lý hợp đồng gia công của bên giao, bên nhận;
d) Hàng hóa gia công cho nước ngoài phải thanh toán qua Ngân hàng theo quy định;
Về thủ tục giao nhận sản phẩm gia công chuyển tiếp và Phiếu chuyển tiếp thực hiện theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
Ví dụ: Công ty A ký hợp đồng gia công với nước ngoài 200.000 đôi đế giầy xuất khẩu. Giá gia công là 800 triệu đồng. Hợp đồng ghi rõ giao đế giầy cho Công ty B tại Việt Nam để sản xuất ra giầy hoàn chỉnh.
Trường hợp này Công ty A thuộc đối tượng gia công hàng xuất khẩu chuyển tiếp. Khi lập chứng từ chuyển giao sản phẩm đế giầy cho Công ty B, Công ty A ghi rõ số lượng, chủng loại, quy cách sản phẩm đã giao, toàn bộ doanh thu gia công đế giầy 800 triệu đồng nhận được tính thuế GTGT là 0%.
- Hàng hóa xuất khẩu tại chỗ theo quy định của pháp luật:
a) Hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc hợp đồng gia công có chỉ định giao hàng tại Việt Nam;
b) Tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu – nhập khẩu tại chỗ đã làm xong thủ tục hải quan;
c) Hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn xuất khẩu ghi rõ tên người mua phía nước ngoài, tên doanh nghiệp nhận hàng và địa điểm giao hàng tại Việt Nam;
d) Hàng hóa bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng tại Việt Nam phải thanh toán qua ngân hàng bằng ngoại tệ tự do chuyển đổi. Trường hợp người nhập khẩu tại chỗ được phía nước ngoài ủy quyền thanh toán cho người xuất khẩu tại chỗ thì đồng tiền thanh toán thực hiện theo quy định của pháp luật về ngoại hối;
đ) Hàng hóa xuất khẩu tại chỗ của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài phải phù hợp với quy định tại giấy phép đầu tư.
Hàng hóa xuất khẩu và những điều kiện khấu trừ thuế GTGT với hàng xuất khẩu
3. Hàng hóa, vật tư do doanh nghiệp Việt Nam xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài thì thủ tục hồ sơ để doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng tại nước ngoài được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào phải đáp ứng các điều kiện sau:
a) Tờ khai hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư 219/2013/TT-BTC;
b) Hàng hóa, vật tư xuất khẩu phải phù hợp với Danh mục hàng hóa xuất khẩu để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài do Giám đốc doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài phê duyệt;
c) Hợp đồng ủy thác xuất khẩu (trường hợp ủy thác xuất khẩu).
4. Hàng hóa, vật tư do cơ sở kinh doanh trong nước bán cho doanh nghiệp Việt Nam để thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài và thực hiện giao hàng hóa tại nước ngoài theo Hợp đồng ký kết thì thủ tục hồ sơ để cơ sở kinh doanh trong nước bán hàng thực hiện khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa xuất khẩu phải đáp ứng các điều kiện sau:
a) Tờ khai hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
b) Hàng hóa, vật tư xuất khẩu phải phù hợp với Danh mục hàng hóa xuất khẩu để công trình xây dựng ở nước ngoài do Giám đốc doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài phê duyệt;
c) Hợp đồng mua bán ký giữa cơ sở kinh doanh trong nước và doanh nghiệp Việt Nam thực hiện công trình xây dựng ở nước ngoài, trong đó có ghi rõ về điều kiện giao hàng, số lượng, chủng loại và trị giá hàng hóa;
d) Hợp đồng ủy thác (trường hợp ủy thác xuất khẩu);
đ) Chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
e) Hóa đơn GTGT bán hàng hóa.
Lưu ý: Các trường hợp cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu hoặc hàng hóa được coi như xuất khẩu nếu đã có xác nhận của cơ quan Hải quan (đối với hàng hóa xuất khẩu) nhưng không có đủ các thủ tục, hồ sơ khác đối với từng trường hợp cụ thể thì không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Riêng đối với trường hợp hàng hóa gia công chuyển tiếp và hàng hóa xuất khẩu tại chỗ, nếu không có đủ một trong các thủ tục, hồ sơ theo quy định thì phải tính và nộp thuế GTGT như hàng hóa tiêu thụ nội địa. Đối với cơ sở kinh doanh có dịch vụ xuất khẩu nếu không đáp ứng điều kiện về thanh toán qua ngân hàng hoặc được coi như thanh toán qua ngân hàng thì không được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế đầu vào.